ספריית המוזיאון כוללת למעלה מ- 5000 ספרים וכתבי עת העוסקים במגוון רחב של נושאים ימיים בתחומים כגון היסטוריה, ארכיאולוגיה, מכשירים מדעיים, גיאוגרפיה, אמנות וקרבות ימיים.

הספריה פתוחה לציבור בימים ג', ה' בשעות 15:00-10:00.

קרן המוזיאון הימי הוציאה עד כה לאור את הפרסומים הבאים, המוצעים למכירה:

• כתב העת "ספונים", כרכים א-ח (1994-1996).
• זמר, אבשלום: "קנקני אגירה בסחר הימי הקדום" (1977).
• רינגל, יוסף: "נושאים ימיים על מטבעות עתיקים" (1984).
• בכניסה למוזיאון ניתן לרכוש גם קטלוגים של תערוכות כגון:
• "מפות ארץ הקודש", "אניות סוחר בים התיכון במאות ה- 19-17", וכן הדפסים של אניות, גלויות וכרזות צבעוניות.